তদন্তকারী সংস্থা দীর্ঘ সময় ধরে সাক্ষ্য-প্রমাণ, ভিডিওচিত্র, আলোকচিত্র, বিভিন্ন নথি এবং প্রত্যক্ষদর্শীদের জবানবন্দি পর্যালোচনা করে তদন্ত সম্পন্ন করে। পরে তদন্ত প্রতিবেদন প্রসিকিউশনের কাছে জমা দেওয়া হয়। সেই প্রতিবেদন যাচাই-বাছাই শেষে ট্রাইব্যুনালে আনুষ্ঠানিক অভিযোগ দাখিল করা হয়েছে।

মামলার তদন্তে শাপলা চত্বরকে কেন্দ্র করে দেশের বিভিন্ন স্থানে নিহত ৫৮ জনের পরিচয় নিশ্চিত হওয়ার দাবি করেছে প্রসিকিউশন। তাদের তথ্য অনুযায়ী, নিহতদের মধ্যে ঢাকায় ৩২ জন, নারায়ণগঞ্জে ২০ জন, চট্টগ্রামে পাঁচজন এবং কুমিল্লায় একজন নিহত হন।

প্রসিকিউশনের অভিযোগ, ঘটনার পর শাপলা চত্বরে সংঘটিত হত্যাকাণ্ডের প্রকৃত চিত্র আড়াল করার চেষ্টা করা হয়েছিল। এ অভিযোগে সাংবাদিক মোজাম্মেল বাবু ও ফারজানা রুপার বিরুদ্ধে বলা হয়েছে, তারা ঘটনাটিকে ভিন্ন খাতে প্রবাহিত করার চেষ্টা করেন এবং হতাহতের তথ্য গোপন করার প্রচেষ্টা চালান। প্রসিকিউশনের ভাষ্য অনুযায়ী, ২০১৩ সালের ৫ মে ঘটনার পরপরই একাত্তর টেলিভিশনে প্রচারিত ‘সমীকরণ’ শীর্ষক একটি অনুসন্ধানী প্রতিবেদনের মাধ্যমে পরিকল্পিতভাবে বিভ্রান্তিকর তথ্য ছড়ানো হয় এবং এমন ধারণা দেওয়ার চেষ্টা করা হয় যে শাপলা চত্বরে কোনো হতাহতের ঘটনা ঘটেনি।

এ মামলায় এখন পর্যন্ত নয়জন আসামিকে গ্রেফতার করা হয়েছে। তারা হলেন সাবেক পররাষ্ট্রমন্ত্রী ডা. দীপু মনি, সাবেক স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রী শামসুল হক টুকু, মেজর জেনারেল (অব.) জিয়াউল আহসান, পুলিশের সাবেক মহাপরিদর্শক (আইজিপি) এ কে এম শহীদুল হক, পুলিশের সাবেক উপ-মহাপরিদর্শক (ডিআইজি) মোল্যা নজরুল ইসলাম, একাত্তরের ঘাতক-দালাল নির্মূল কমিটির উপদেষ্টা মণ্ডলীর সভাপতি শাহরিয়ার কবির, সাবেক ডিআইজি আবদুল জলিল মণ্ডল, সাংবাদিক মোজাম্মেল বাবু এবং ফারজানা রুপা।

শাপলা চত্বরের এ হত্যাকাণ্ডের অভিযোগ আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের চিফ প্রসিকিউটরের কাছে দায়ের করেন হেফাজতে ইসলামের নেতা আজিজুল হক। তিনি হেফাজতের নেতা জুনায়েদ আল হাবিব ও মাওলানা মামুনুল হকের পক্ষে অভিযোগটি দাখিল করেন।ওই অভিযোগে ২১ জনকে আসামি করা হয়েছিল। পরবর্তী তদন্ত শেষে প্রসিকিউশন ট্রাইব্যুনালে যে আনুষ্ঠানিক অভিযোগ দাখিল করেছে, তাতে আসামির সংখ্যা বেড়ে মোট ৪১ জন হয়েছে।